Amélie lên đường đến Tân Thế giới từ Ostend, Vương quốc Bỉ trên khinh hạm Imperatriz và đến Rio de Janeiro vào ngày 15 tháng 10 năm 1829, chuyến đi diễn ra nhanh hơn dự định. Sau khi nghe tin con tàu đang đến gần, Dom Pedro đã lên một chiếc tàu kéo để đón ở phía bên kia của bãi cạn, và ông đã rất xúc động khi nhìn thấy vợ mình trên boong.[2] Trong số những người đi cùng cô trên tàu có Barbacena và cô bé 10 tuổi Công chúa Maria, người mà cha cô đã từ bỏ quyền lên ngôi Bồ Đào Nha vào năm 1826. Barbacena, trong cùng chuyến đi đó, đã nhận được sứ mệnh đưa Maria cho ông nội của cô, Hoàng đế Áo Francis I, chăm sóc, nhưng giữa cuộc hành trình, cô biết được rằng ngai vàng của Bồ Đào Nha đã bị Thân vương Miguel, em trai của Dom Pedro, soán ngôi, và thay vào đó quyết định đưa cô đến Vương quốc Anh, được xem là một nơi an toàn hơn. Sau khi ký kết hôn ước với hoàng gia, họ lại lên đường tới Brazil cùng với đoàn tùy tùng của Amélie, bao gồm anh trai của Amélie, Auguste de Beauharnais, Công tước thứ 2 xứ Leuchtenberg.[7] Ngay sau cuộc gặp gỡ đầu tiên của cặp đôi mới cưới, các con của Dom Pedro trong cuộc hôn nhân đầu tiên được đưa lên tàu của mẹ kế mới để hai vợ chồng và các con ăn trưa cùng nhau.[5]

Trưa ngày hôm sau, dưới cơn mưa lớn, Amélie xuống tàu và được đón rước trọng thể. Sau đó, cô đi cùng Dom Pedro đến Nhà nguyện Hoàng gia để nhận ban phước lành và hoàn thành các thủ tục hôn nhân. Tất cả đều sững sờ trước vẻ đẹp của cô, nổi bật với chiếc áo choàng dài màu trắng và chiếc áo choàng thêu bằng bạc, theo kiểu Pháp. Sau buổi lễ là lễ kỷ niệm công khai với pháo hoa, và một bữa tiệc lớn của nhà nước dành cho triều đình.[5]

Vào tháng 1 năm 1830, tân hoàng hậu chính thức được ra mắt triều đình, với một buổi khiêu vũ mà tất cả các cung nữ đều mặc đồ màu hồng, màu sắc yêu thích của hoàng hậu. Ngày hôm sau, cặp đôi bắt đầu tuần trăng mật, trải qua sáu tuần tại trang trại của Cha Correa, ở Serra da Estrela, địa điểm này tương lai chính là đô thị Petrópolis.[7]

Khi trở về, họ gặp phải rắc rối bởi những vấn đề do Chalaça (Francisco Gomes da Silva), người bạn tâm giao của hoàng đế gây ra. Barbacena nhân cơ hội này để loại bỏ kẻ thù cũ của mình, khuyên anh ta nên đi đến châu Âu, nơi anh ta tin tưởng vào sự hỗ trợ của hoàng hậu mới, nóng lòng phá vỡ thêm một mối liên kết với quá khứ ngoại tình phóng đãng của chồng cô. Amelie đã thể hiện thái độ mạnh mẽ khi từ chối ngay từ đầu việc tiếp đón tại triều đình bởi Isabel Maria de Alcântara, Nữ công tước xứ Goiás, con gái ngoài giá thú của Dom Pedro với người tình, Nữ hầu tước xứ Santos, và yêu cầu gửi Isabel Maria đến trường ở Thụy Sĩ.[7]

Sau khi định cư tại cung điện hoàng gia, Paço de São Cristóvão, và nhận thấy điều mà cô ấy coi là tiêu chuẩn nghi thức không phù hợp, Amélie đã thiết lập tiếng Pháp làm ngôn ngữ cung đình và áp dụng nghi lễ mô phỏng theo các triều đình châu Âu. Cô tìm cách cập nhật ẩm thực và thời trang, trang trí lại cung điện, mua bộ đồ ăn và đồ dùng bằng bạc mới, đồng thời cố gắng trau dồi cách cư xử trong cung đình. Cô ấy đã đạt được ít nhất một phần thành công trong lần cuối cùng này, và sự sang trọng của Hoàng hậu, luôn ăn mặc hoàn hảo, đã trở nên nổi tiếng trên trường quốc tế.[11]

Cuộc hôn nhân của họ rất hạnh phúc, không giống như cuộc hôn nhân đầu tiên của Dom Pedro, và cô ấy được cho là cũng có mối quan hệ tốt với những đứa con riêng hợp pháp của mình. Vẻ đẹp, ý thức tốt và lòng tốt của cô nhanh chóng chiếm được tình cảm của cả chồng và các con của ông trong cuộc hôn nhân đầu tiên. Cô đảm bảo rằng những đứa trẻ sau này sẽ có một môi trường gia đình tốt và được giáo dục tốt. Ngay sau khi kết hôn, một du khách người Pháp đã nhận định rằng "có vẻ như hoàng hậu tiếp tục thực hiện ảnh hưởng của mình đối với các con của Dom Pedro. Kết quả đáng mừng đã rõ ràng, bà đã tiến hành cải tạo đáng kể cung điện và trật tự đã bắt đầu được thiết lập; việc giáo dục của các công chúa do đích thân hoàng hậu giám sát và chỉ đạo", với sự quan tâm tương tự dành cho người thừa kế ngai vàng, Hoàng tử Pedro de Alcântara (sau này là Hoàng đế Pedro II của Brazil); Hoàng tử nhỏ rất yêu quý mẹ kế và đã bắt đầu gọi Amelie là "mamãe" ("mẹ").[5] Mãi sau này, Amélie vẫn luôn bày tỏ tình cảm thân thiết của mình với Hoàng đế Pedro II, và duy trì thư từ với ông cho đến cuối đời, cố gắng hướng dẫn và hỗ trợ ông. Gần 6 thập kỷ thư từ của họ vẫn tồn tại. Dom Pedro II đã đáp lại lòng tốt của cô, đề nghị cô giúp sắp xếp hôn nhân cho các con gái của ông và đến thăm cô ở Lisbon vào năm 1871.[12][13]

Sự hiện diện của cô ấy cũng rất quan trọng trong việc khôi phục danh tiếng của chồng và mang lại cho ông ấy dũng khí trong giai đoạn khó khăn của đế chế mới, nhưng sự nhiệt tình của quần chúng do cuộc hôn nhân tạo ra chỉ tồn tại trong thời gian ngắn.[6] José Bonifácio khuyên cô về những gì chồng cô cần làm để hòa giải với người dân Brazil, nhưng không có kết quả.[10] Tình hình kinh tế bấp bênh và bất ổn chính trị đã dẫn đến cuộc khủng hoảng không thể tránh khỏi và vào ngày 7 tháng 4 năm 1831, Dom Pedro thoái vị nhường ngôi cho con trai nhỏ là Hoàng tử Pedro.[6]